存货核算是指对企业存货价值(即成本)的计量，用于工商业企业存货出入库核算，存货出入. 库凭证处理，核算报表查询，期初期末处理及相关资料维护。理论上来说，成本核算本来是属于进销存软件的一个基本功能，但随着成本核算方法的多样性，核算数据的庞大以及精细化需求，存货核算已经被上升到企业运用进销存的最高难度了，那么进销存存货核算应该如何核算呢？
首先，明确成本对象；企业核算成本，首先要明确的是成本核算的对象，要核算什么，针对部门、产品、生产中心等等，也只有知道了要核算什么，才能更好的制定核算方法。成本对象可以是某一个项目、某一批产品、某一个订单等，管理上要求根据成本对象归集成本。在秘奥进销存管理系统中，一般会按生产单(一个生产任务)归集成本，一个生产单一般就是一个成本对象，或者几个生产单可以合并为一个成本对象。
其次，要选好成本核算方法；现在成本会计书本上有各种各样的成本计算方法，先进先出法，加权平均法，移动加权平均法等等，而且不同的企业核算方法也不一样，再加上市面上的进销存管理系统大多支持3种以上的核算方法，这反而让用户有种无所适从的感觉，不知道该选择哪种方法才适合核算成本，更不知道进销存软件里不同的核算方法的操作流程。所以，选择适合自己企业的存货核算方法是存货核算的基础。
最后，做好成本差异分析；成本核算完成，并不是丢到一边就完事了，还要核算数据，分析成本差异，必要的情况下进销存管理系统作一些成本调整。成本差异一般有计划成本与实际成本的差异、本期实际成本与上期实际成本的差异、本期实际成本与上年同期实际成本的差异、本期实际成本与本企业历史先进成本水平及同行业先进成本水平的差异等，成本差异分析就是对以上各种差异进行剖析，找出差异产生原因，分清有利差异和不利差异，针对不同原因产生的差异对症下药采取措施降低生产成本的分析过程。